小刘入职某电子公司担任技术部门管理岗，公司安排其接受专业技术培训，并与他签订了服务期协议。协议约定小刘规培后必须为公司服务5年才能离职，如果违约必须承担违约金10万元。而实际上公司为他支付的培训费仅5万元。小刘完成培训工作2年后向公司提出辞职。公司虽然同意了他的辞职请求，但要求他支付违约金10万元，并从其工资及奖金中予以扣除。小刘遂向仲裁委申请仲裁。

《中华人民共和国劳动合同法》规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。”

本案中，小刘在服务期内由于个人原因离职，其行为构成违约，应当支付违约金。但是，双方约定的违约金超过了实际支付的培训费用，依据法律规定，该约定无效。相应地，公司只能按实际支付的5万元培训费来确定违约金数额。具体而言，双方约定的服务期为5年，公司支付的培训费为5万元，分摊到每年为1万元。因小刘系在为公司服务2年后离职，其未履行的服务期限为3年，故只需向公司支付3万元违约金。